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实际上，申康模式也正是上海市政府职能转变改革的组成部分之一。除了卫生之外，当年上海市还在水务、交通等系统同时实行了管办分开的改革试点。这一综合配套改革的利好环境是申康模式成功的重要原因之一。
专家指出，申康模式既加强了卫生行政部门全行业监管的职能，又明确了公立医院国有资产出资人代表和政府办医主体，加强了公立医院专业化、规范化和精细化的管理，引导医院增强了公益性，提高了管理效能，体现了办医院的宗旨。同时还落实了公立医院的独立法人地位。
上海管办分开的探索已经被证明是卓有成效的。
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上海市卫生行政管理主体的主要职能
实施管办分离改革后，上海市卫生局作为主管全市卫生工作的政府组成部门，除继续全面履行公共卫生管理包括直接举办部分公共卫生机构等职能外，全面履行对全市医疗卫生行业管理的职能，具体为：
组织制定本市卫生事业发展规划、区域卫生规划、卫生改革发展的政策与方案，并组织实施、协调指导、监督落实；负责公共卫生和重大疫情疾病的预警、监测、管理、应急处置；负责医疗机构、医疗卫生从业人员及实施行政许可的大型医疗设备的准入管理、监督执法；负责制订或审定（审核、批准）各级各类医疗卫生机构及相关服务的质量标准、技术规范、职业道德规范，并实施监督和管理；发布医疗卫生服务供求、服务质量、技术质量、医德医风和医疗执业行为等信息；组织开展医学教育、医学科研、全民健康教育等。
上海市政府办医主体的主要职责
上海申康医院发展中心是上海市政府设立的国有非营利性的事业法人，是市立公立医疗机构国有资产投资管理运营的责任主体和政府办医的责任主体。它根据市政府的办医要求，履行国有资产出资人职责，接受市卫生部门的行业管理和业务指导。其主要职责为：
贯彻和执行各有关卫生工作的方针、政策、规范和规划，坚持正确的办医方向，办好市级公立医疗机构；
负责市级公立医疗机构的重大决策、资产权益和经营者聘用，负责市级公立医疗机构的投资、融资、建设、运营、管理和考核，确保政府办医宗旨的实现和国有资产运营的安全有效；
推进市级公立医疗机构改革和完善管理体制与机制，建立有效的激励和约束机制，推进市级公立医疗机构国有资产进退盘活，提高办医质量和效率等。（摘自《关于推进本市市级医疗机构管办分离改革方案的通知》2005年4月4日）
23位院长的绩效考核
考核公立医院院长的管理业绩并不难，难的是用什么样的专业指标和什么样的科学态度才能让被考核的医院院长们发自内心地称道。
“没有人考核我，我是自己考核自己。年初给自己定规划，年底再给自己做总结，全凭自觉。”某医院院长曾对《中国医院院长》如此表白。
长期以来，由于受到评价主体不确定、医院目标多元化、医院绩效难以定量等因素的影响，公立医院院长的绩效考核一直是个没人愿意碰、也没人有把握碰的“模糊问题”。公立医院院长的管理业绩自然无从得到独立而科学的评价，床位、收入、门诊量和住院病人数等成为衡量医院院长业绩的“运营”标尺，行政上的表现则成为“政治”标尺。
然而，在2005年9月被划归上海申康医院发展中心（以下简称申康中心）管理的23家公立医院的院长们，却在申康中心的引领下，开始了全面绩效考核之下的专业化、精细化和职业化管理路程。
被考核院长普遍认同
“2007年4月，我第一次拿到《2006年度绩效考核情况反馈》；2008年3月，我又拿到《2007年度院长绩效考核情况反馈》，今年4月即将拿到第三份情况反馈。”上海市第六人民医院院长何梦乔把两份绩效考核情况反馈表交给《中国医院院长》。
“这都是公开透明的考核结果，申康中心对我每年的工作业绩进行考核评价，哪些方面进步了，哪些方面需要努力，写得非常清楚。每年的绩效考核会给医院院长评A、B、C、D四级。A、B级会受到激励，D级属于不合格。对公立医院院长来说，看重的是自己的管理业绩获得肯定。”记者看到这两份反馈材料，都分为考核结果、绩效考核指标分析和建议三部分。何梦乔连续两年被评为A级。
“对院长的年度绩效考核，其实是对整个医院的综合性考核。我认为这样的考核不仅非常必要，而且是对国内公立医院整体运营效果评价方面一个很有益的探索。”上海新华医院院长徐卫国对此充分肯定，“申康做事非常严谨，前期特别为院长绩效考核专门成立了一个课题组，对院长考核项目的设置、考核内容的划定、考核指标的选取做了大量的调查研究和专家论证。而且在这两三年中，申康还在不断地听取我们院长的意见，来完善考核体系。从我的角度看，这是一项立体的、三维的、上下前后左右全方位的院长考核，已经很难再用辩证法提出新的考核指标。”
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