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《政府工作报告》历来是改革的风向标。2006年，《政府工作报告》确定的工作重点是完善农村医疗卫生服务、城市社区卫生以及药品生产流通等三个体系。公立医院改革尚未足以让决策者有勇气拿出。
特别是在2006年6月，深化医药卫生体制改革部际协调工作小组成立，新医改政策制定工作启动。国内迅速掀起了一场官方与民间共同制定新医改方案的热潮，政府派与市场派之争、补供方与补需方之争最为激烈，争论的焦点指向了新医改政策的基本制度方面，公立医院改革的声音几乎被完全湮没。
然而，争论到最后，各方却发现，所有的问题最终都纠结于公立医院。北京大学公共卫生学院教授周子君回忆说，“在医药卫生体制改革进程中，我们发现无论是医疗保障、公共卫生、基本医疗还是基本药物制度，所有问题的最终落点都在公立医院，公立医院到了必须改革的地步。”
自此，从学界到政府，开始逐渐重视对公立医院改革的研究。
“十七大”转折
公立医院改革首次正式亮相，是在2007年中共中央总书记胡锦涛的《十七大报告》，报告提出要“深化公立医院改革。”虽然只有8个汉字，却一直被当作新医改政策出台之前的最高纲领。在此之前，公立医院改革被深藏于医改“四梁八柱”当中的医疗服务体系之内。
随后，2008年全国卫生工作会议和政府工作报告也对这一提法做出回应，明确要“开展公立医院改革试点”。敏感人士注意到，卫生部原党组书记高强在同年的全国卫生工作会议上提出“将选择部分城市进行公立医院改革试点，用三年时间探索出比较科学、规范的公立医院改革思路和政策措拖”的消息表明，公立医院改革的地位已经开始提升，但具体思路还未成熟。
接下来，卫生部部长陈竺在8月份的全国医政工作会议上再次透露公立医院改革试点的信息，“启动迫在眉睫的公立医院改革，这是最难的但又是必须要做的。”
高强在会上特别强调，公立医院改革的核心，是正确处理国家、医院和人民群众之间的利益关系，既要维护公立医院的公益性，又要调动医院和医务人员的积极性。公益性、积极性两者的关系必须处理好，任何一方不满意，都达不到改革的理想效果。
这次会议之后，有关公立医院改革的声浪逐渐趋强。
有知情人士告诉记者，2008年7月，一支由国务院参事室陈全CT扫描心脏，然而，数以亿兆的训等6位参事组成的调研组开始个人健康信息资料却仍然存储在对公立医院深化改革进行专题调全国各地的医院、保险公司、药研。在历时5个月的时间里，调房的信息系统服务器内，无法及研组先后对上海、天津、北京、江苏、河南、四川、浙江等9省市的部分公立医院的改革情况进行了调研，考察了四川大学华西医院、上海市第六人民医院等医院，最后于2008年11月份形成一份关于公立医院改革的书面报告。
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