一般说来，在妊娠的前3个月中用药易致胎儿畸形，因这时受精卵正处在相继分化和联合阶段，胎儿各器官尚未完全形成，易受药物的影响。妊娠4个月以上，胎儿各器官已形成，药物已不再有致畸作用。
除“反应停”外，下述药物可能有致畸作用，所以在妊娠头3个月中应禁用或小心使用。对此，药店药师应该熟知，以便指导顾客安全、合理地用药。
抗肿瘤药如氨甲喋啶易引起流产和婴儿无脑、脑积水、腭裂等畸形，与其他抗癌药合用危险性更大。还有马利兰、苯丁酸氮芥、6-巯基嘌呤、环磷酰胺、去乙酰甲基水仙碱、癌宁、长春碱、乌拉坦及碘治疗或骨盆放射，都可引起胎儿畸形。
激素类于妊娠头3个月应用可使女性胎儿男性化；3个月后应用，可使女性胎儿生殖器暂时增大等。
抗糖尿病药有报道称，甲磺丁脲和氯磺丙脲可引起死胎、新生儿死亡、多发性畸形和兔唇等。
抗疟药乙胺嘧啶和氯奎可致胎儿耳聋、脑积水和四肢缺陷畸形；长期大量使用奎宁可造成死胎、先天性耳聋。
抗惊、镇静安定药如苯妥因钠、去氧苯巴比妥、苯巴比妥都能引起胎儿兔唇和腭裂；氯丙嗪可引起视网膜病变；氟哌啶醇可引起四肢畸形，眠尔通、安定、利眠宁也可致畸胎。
抗抑郁药丙咪嗪可引起胎儿骨畸形和兔唇；苯丙胺可致心脏缺损、大血管异位及畸形足等。
抗凝血药双香豆素和华法林可致胎儿出血、死亡或鼻骨发育不全。
此外，经动物试验可致畸的药物还有链霉素、利福平、乙硫异烟胺、 TMP、磺胺类药、安眠酮、乙醇、灭滴灵、安其敏、大剂量阿司匹林、避孕药、甲状腺素、维生素A、烟碱，以及偶氮染料和味精等。
