有些中药含有有毒成分，如附子中含有乌头碱，小剂量使用具有治疗作用，剂量过大或使用不当就会引起中毒；
有些中药不含有毒成分，但过量服用也会引起中毒，如过量服用肉桂就会引起血尿；辨证用药不当，如给肝阳上亢病人服用细辛、肉桂等，等于火上加油；中药来源品种不当，如桑寄生本无毒，但寄生在有毒植物上的桑寄生就会含有相应的有毒成分；有些药材未经炮制或炮制不当，如经过炮制后的法半夏没有什么毒性，但生半夏却是有毒的；中药煎煮不当，一般认为煎煮时间不足可能引起毒性反应；
误服误用中药十分危险，如把香加皮当作五加皮使用，就会发生洋地黄样中毒；
受到污染或变质的中药；用药途径不当，如作为肌肉注射用的中药注射液被用于静脉注射；
用药时间过长，如黄花夹竹桃含有强心苷，长期使用会发生洋地黄样蓄积中毒反应；有些中药相互间可产生化学反应，如果配伍不当将引起不良反应，如藜芦就不宜与人参等补益类药同时使用；中西药之间也有配伍禁忌，如山楂、五味子、乌梅等与磺胺同时使用就会引起血尿；年龄、性别与体质差异，如妇女哺乳期就对许多药物反应敏感；中药注射剂质量不好，当中含有有害物质、杂质、植物蛋白；外用制剂辅料，如白酒、酒精、醋等使用不当；中药假冒伪劣品种可直接导致不良反应。
