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出于有效满足国内外两个市场的需要、增强我国医药产业核心竞争力的战略考虑，必须将培育成熟的行业协会组织作为一项重要的任务来抓。政府、企业和现有的行业协会组织应共同努力。加快引入行业协会组织市场化经营的模式，利用市场手段促进行业协会组织实力的增长，行业协会可尝试开办提供中介服务的经济实体。
目前，我国医药行业带“中”字头的行业协会组织大大小小约有30多个，加上省市等地方的协会组织多达上百个。然而，真正体现行业整体利益，提供有效的行业协调、指导、咨询等服务的却不多。由于医药行业涉及的领域较广，从研发、生产、销售、流通、国际贸易、服务外包等多个环节，对行业协会组织的专业功能要求相对较高。尽管已有不少专业性的行业协会组织分管不同的环节，但发挥特有的专业权威与指导作用的更是少之又少。而覆盖多个环节的个别综合性行业协会组织则因手段缺乏、资金不足、信息不灵、人才不足以及与企业和医疗卫生系统联系机制不完善等原因，工作又显得力不从心，没有起到应有的综合协调、集体代言和全盘指导的行业促进功效。此外，行业协会组织彼此间也缺乏联系机制，老死不相往来，没有交流与互动。
在西方发达国家，较高的产业集中度致使医药行业呈现寡头垄断的特点，少数大型医药企业占据了较高的市场份额。由于寡头企业之间的利益较为一致，加之雄厚的经济实力，由其资助成立的行业协会组织自然是其强有力的代言人，成为体现行业话语权、游说政府和提供专业服务的重要组织形式，从而在很大程度上维护了企业利益，促进了行业的向前发展。比如在美国，医药行业协会组织的代表可以堂堂正正地进入白宫和相关政府部门，与高层领导及政要平等对话，甚至是讨价还价。而在日本、韩国等国，医药行业协会组织的代表也常常出席高层会议等重要场合，理直气壮地表达行业的立场，反映企业的诉求与意见。笔者曾拜访过美国新泽西州医药行业协会，该协会的会员企业是在州内的众多大型制药企业，如默沙东、辉瑞、先灵葆雅等；该协会的会长是美国国会议员，协会会员企业均对会长的工作给予极高评价并寄予厚望，而该协会工作人员在交谈当中，亦透露出一种自信十足、踌躇满志的精神状态。
巨大的反差不能不使我们要深入思考其中的原因所在。有人曾经批评说，我国的行业协会组织大多数是自上而下成立的，不少是政府机构调整后的“缩编版”，某种程度上是“二政府”，故而不能代表行业的根本利益。对此，笔者认为有偏颇之处，这只是涉及到其中一个因素，而不是全部因素。其实，我国医药行业协会组织的现状与其生成机制、政府部门工作导向、市场环境、产业发展阶段和企业意识等多个因素有关系，这在其他行业亦是如此，我们不能把责任完全推向政府。作为一个政府“强作用”推动经济迅速成长的转型国家，市场机制的不足可以在初期阶段得到暂时弥补，这一阶段对行业协会组织的要求可能并不很高。但是，随着转型进程的不断加快，越来越多的市场因素融入到行业层面，形势发展要求行业协会组织必须进行合理的职能定位，全方位调整利益取向。对于医药行业来说，可能这一形势来得过快，大家准备不足，措手不及。出于有效满足国内外两个市场需要、增强我国医药产业核心竞争力的战略考虑，必须将培育成熟的行业协会组织作为一项重要的任务来抓，政府、企业和现有的行业协会组织应共同努力。这里笔者提几点拙见，供业内人士批评。
其一，应该在尽可能短的时间内成立大型的医药行业协会组织，特别是全国范围的医药产业协会，旗下可设立功能较为细化的专业性协会，以利于发挥整体功效，在全局上推进行业建设与发展。
其二，要根据医药行业的特点，对行业协会组织的职能设置进行超前思考，并在较长的时间里重点做好质量控制、标准化、研发促进、技术引进、企业国际化和人才培养等工作，不断完善现有行业协会组织的功能与作用。
其三，推动现有行业协会组织的重组与合并，改变协会组织之间分散、割裂的现状，如可将内贸协会与外贸协会进行合并，推进医疗服务协会与科研协会、生产协会的横向联系，以加快科研成果的产业化，形成价值链齐全的产学研体系。
其四，面向新的形势和共同市场，开展内外资行业协会的对话与交流，通过横向合作，实现双方在我国医药市场的共赢。
其五，加快引入行业协会组织市场化经营的模式，利用市场手段促进行业协会组织的成长特别是实力的增长，其中可尝试由行业协会组织开办提供中介服务的经济实体，推行行业协会组织股份制等。
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