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药物的治疗遵循“简而精”的原则。由于目前可选择的肝炎药物实在多得难于胜数，患者本人很难对这个药物的海洋有深入了解，所以用药应该有专科医生的指导。在这里，有必要说明一下，肝炎专科医生必须是对疾病和各类药物都有深入了解的大夫，而不是仅仅为推销某一种（或几种）药品的药品推销商。目前还没有一种药物（或疗法）可适用于所有的乙肝病人，而必须针对每一个乙肝患者的具体病情，深入分析后制订个体一化的治疗方案，方能取得较好的疗效。
我们还应该知道急性肝炎与慢性肝炎的用药是不同的。由于急性乙肝的病程经过有很大的自限性，所以治疗应该简单一些，以保护肝细胞和促进黄疸消退为基本原则，不能进食或食欲很差的患者可适当静脉补液，辅以维生素的补充。由于大多数药物的代谢都在肝脏进行，过于繁杂的用药，势必加重本来已有病的肝脏负担。
慢性乙型肝炎的治疗主要包括两个方面：保护肝细胞的治疗和抗病毒。保护肝细胞可选用各种具有降低转氨酶作用的制剂。临床上常用的降转氨酶药物有联苯双酯及五味子制剂、垂盆草、山豆根和甘草制剂等。对那些活动性肝炎以及病毒复制指标（如HbsAg和/或乙型肝炎病毒DNA）阳性的患者，可考虑使用抗病毒药物治疗。抗病毒治疗的目标为抑制HBV复制，改善肝组织病变，防止肝硬化和肝癌的发生。由于乙型肝炎病毒的抵抗力很强，抗病毒治疗必须要坚持足够的疗程，至少在3—6个月以上，推荐12个月。
在抗病毒方面，有干扰素（主要是α 干扰素）、蛋白酶抑制剂（如拉米夫定）和核苷类似物（如泛昔洛韦）等；在免疫调控方面，有胸腺素（肽）、各种多糖类等。这些药物都应该在专科医生的指导下使用。
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