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进一步来探讨，以省为单位的招标采购，极有可能带来另外一个问题——地方保护主义。上海第一财经研究院医药行业研究员黄丁毅指出，区域性大企业有多年积累的人脉资源、现成的销售渠道和配送网络，更为重要的是很多竞标企业还是当地的利税大户，与外地企业相比，可谓占尽了“地利、人和”，当地政府“胳膊肘往内拐”的情况实难避免。同时，“统一配送”也可能造就区域性的品牌流通企业。
对此，于明德认为，地方保护主义是一直存在的问题，解决的办法就是增加透明度，加强全社会尤其是舆论的监督。
另外，由于基本药物全部纳入医保，那么在招标上未来两者会不会统一招标，有专家认为“这也是极有可能的”。
报销比例
基本药物全部进入医保报销范围，报销比例高于非基本药物。这应该是基本药物制度建设最具实质作用的配套政策。但是，报销比例怎么定？由国家定还是各省根据实际情况自己定？
“基本药物报销比例高于非基本药物。我估计这个意思是，基本药物比医保目录中的甲乙两类报销的比例还要高。比如甲类报销80%，基本药物可能是85%。”于明德指出，但是这么高的报销比例，各省能不能真正落实还要看地方政府的财力。
采访中专家们认为，对于基本药物，国家规定一个原则性的报销比例，各省参照这个比例根据实际情况制定本省报销比例，这种做法比较科学。
而且，《意见》和《方案》还规定，基层医疗机构全部使用基本药物，大医院也要使用一定比例的基本药物。对此，有专家认为，基本药物优先使用的原则可以制定，但具体的使用比例不可硬性制定，因为疾病是无法计划的。
值得期待的是，新医改方案已经从医疗保险的角度去引导卫生资源的合理利用，这又将形成另一个推动基本药物使用的途径。人力资源社会保障部医疗保险司副司长李忠在接受新华网专访中谈到，一是到基层医疗机构就医报销的比例要高于到大型医疗机构就医的报销比例；二是在医疗保险定点医疗机构中，80%都是基层医疗机构，因此要重视发挥基层医疗机构的作用；三是医改方案提出要实行门诊统筹试点，门诊统筹实施的主要机构是基层医疗机构，通过这些措施鼓励引导参保人员，尽可能小病进社区、大病去医院。
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