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公立医院补偿机制是指补足公立医院为开展业务活动、提供医疗卫生服务和履行社会职责而发生的各项成本和费用支出。公立医院支出包括人员支出（工资、福利费、社保费）、业务费支出、基本建设支出、设备购置和维修支出、科研宣教支出等。公立医院补偿机制主要包括补偿渠道、范围和方式。采取不同的补偿机制，公立医院会因受到不同的激励约束作用而产生不同的医疗服务行为。
中国医学科学院卫生政策与管理研究中心陈瑶等人在《中国医院》杂志2011年第7期发表了《公立医院补偿机制改革的国际经验与启示》文章。文章指出，国际上公立医院补偿机制主要有两种模式，即在实行国民卫生体制的国家及地区通常采用的以政府财政补偿为主的模式及在实行社会医疗保险体制和商业医疗保险体制的国家及地区采取的政府财政和医疗保险筹资的双重补偿模式。文章介绍了在医疗费用快速上涨以及公立医院治理机制改革影响下，补偿模式改革的主要特点，即补偿渠道多元化；根据不同的补偿渠道，采取混合支付方式，财政补偿模式的国家及地区往往采用总额预算制，双重补偿模式国家及地区则一般以诊断相关分组预付制为主；实行医药分开，严格控制药品价格。据此，提出对推进我国公立医院补偿机制改革的启示，即公共财政应是公立医院补偿的主要来源，以保持公立医院公益性；由于公立医院的固定成本的正外部性和控制医疗费用，该部分成本应主要通过政府财政补偿；通过采用预付制为主的混合支付方式进行补偿，建立影响公立医院医务人员行为的激励约束机制。
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