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有报道下列全身性疾病可影响生育,糖尿病及神经性疾病可导致阳萎和射精异常。此外，二者可能损害精子生成和副性腺功能。结核性附睾炎和前列腺炎可影响精子的运输。慢性呼吸道包括支气管扩张、慢性鼻窦炎以及慢性支气管炎、这些疾病有时子尾部纤毛异常有关,如纤毛滞动综合症,或与附睾分泌功能异常的YOUNG'S征有关，后者亦见于患有胰腺纤维囊性病的男性：这些患者合并输精管缺如或发育不全。
研究也应当记录那些被怀疑与患者不育有关的其他非生殖系统疾病，其中包括肾功能衰竭，肝脏疾病以及其他不常见的代谢性疾病。传染性腮腺炎性睾丸炎是被记录为可能导致后天睾丸也可能间接损害睾丸，应予分别记录。
高热: 超过38度的高热可持续抑制精子发生达6个月以上，详细记录引起高热的疾病、状况、持续时间及其治疗情况。例如一次流感所致的有害影响将远低于发作一次严重的疟疾所造成的危害。
药物治疗: 某些药物治疗可能导致暂时或永久损害精了的生成某些治疗药物可能干扰生育功能列入表1.3。若患者曾使用其中的一种药物，则应考虑是否可以安全地停用该药，或改用共其他对功能和精液质量无危害的药物（例如用5-乙酰水杨酸替代柳氮磺吡啶治疗男性CROHN'S病。
癌症化疗: 睾丸癌、何杰金氏病，非何杰金淋巴瘤以及白血病均对年轻人有影响，因为这些疾病及其治疗可能对生育力有损害。生殖器官部位进行放疗很可能导致不可逆的精子发生停滞，造成不育。癌症化疗药中一些烷基化合物常导致生殖功能不可逆的损害，如有条件，可在治疗前将精液冷冻保存。
睾丸癌在一些国家较为常见，而且曾时行肿瘤化疗的男子来生育门诊就医日渐增多。一些男子来不育门诊时已有睾丸恶性肿瘤的倾向，如睾丸下降不全。检查时亦可偶尔发现肿瘤，已有报道不育合并睾丸原位癌。
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